Nach Kriegsausbruch litten die Azoren rasch unter Exporteinbrüchen auf ihren traditionellen Märkten, insbesondere in Großbritannien. Die britische Marine sah sich gezwungen, ihre Präsenz in den Gewässern um die Azoren zugunsten anderer Kriegsschauplätze zu verringern, was ab Januar 1915 den Handel der Azoren nach dem Erscheinen deutscher U-Boote vor der Inselgruppe nahezu zum Erliegen brachte.
Nach Kriegseintritt Portugals beschoss das kaiserliche U-Boot U-155 am 4. Juli 1917 Ponta Delgadas, wodurch die Bevölkerung der Azoren erstmals direkt vom Krieg getroffen wurde. Um ein sicheres Geleit durch die Gewässer der Azoren wieder herzustellen, richteten die USA Anfang 1918 eine Militärbasis in Ponta Delgada ein. Parallel dazu wurde dort ein Hochkommissariat der Republik gegründet.
Ohne militärische Verstärkungen vom portugiesischen Festland hatte sich das Leben der Bewohner der Azoren deutlich verschlechtert. Zum einen erzeugten die Handelseinschränkungen finanzielle Einbußen und zum anderen mussten viele Bauern aufgrund der Verteidigungsmaßnahmen ihre Felder verlassen. Und da ein Unglück selten alleine kommt, brach neben Hunger und Krieg auch noch die Pest aus, was die, durch innenpolitische Wirren bereits ins Wanken geratene, öffentlichen Ordnung weiter verunsicherte.
Die größten Grippeepidemien des zwanzigsten Jahrhunderts traf fast alle Insel der Azoren, während der Seekrieg noch einen Mangel an Lebensmitteln und Medikamenten bewirkte.
In dieser ernsten Lage gelang es den lokalen Behörden das Beste aus den begrenzten zur Verfügung sthenden technologischen und wirtschaftlichen Mitteln zu machen, auch indem sie mit den militärischen Befehlshabern an einem Strang zogen.