Após o início da guerra, os Açores sofreram rapidamente um declínio nas exportações para os seus mercados tradicionais, particularmente a Grã-Bretanha. A Marinha Britânica foi obrigada a reduzir a sua presença nas águas em redor dos Açores em favor de outros teatros de guerra, o que praticamente paralisou o comércio nos Açores a partir de Janeiro de 1915, após o aparecimento de submarinos alemães ao largo do arquipélago.
Após a entrada de Portugal na guerra, o submarino imperial U-155 bombardeou Ponta Delgadas a 4 de julho de 1917, fazendo com que pela primeira vez a população dos Açores fosse diretamente afetada pela guerra. Para restabelecer o salvo-conduto nas águas dos Açores, os EUA criaram uma base militar em Ponta Delgada, no início de 1918. Ao mesmo tempo, foi ali fundado um Alto Comissariado da República.
Sem reforços militares de Portugal continental, a vida do povo dos Açores deteriorou-se significativamente. Por um lado, as restrições comerciais causaram perdas financeiras e, por outro lado, muitos agricultores tiveram de abandonar os seus campos devido às medidas defensivas. E como o infortúnio raramente vem só, para além da fome e da guerra, eclodiu também a peste, que perturbou ainda mais a ordem pública, já de si abalada pela turbulência política interna.
As maiores epidemias de gripe do século XX afectaram quase todas as ilhas dos Açores, enquanto a guerra naval provocava ainda escassez de alimentos e de medicamentos.
Nesta situação terrível, as autoridades locais conseguiram tirar o máximo partido dos limitados recursos tecnológicos e económicos disponíveis, incluindo o trabalho em concertação com os comandantes militares.